Считалось, что именно здесь, у впадения Чёрной речки (нынешняя Монастырка) в Неву, князь Александр Невский одержал победу над шведами в Невской битве 1240 г. По преданию, место для постройки православного монастыря, основанного в 1713 г., выбирал сам Петр I. Первоначальный проект монастыря был разработан под руководством Доменико Трезини. Благовещенская церковь, построенная в стиле русского барокко в 1717-1725 гг., является первым каменным храмом Санкт-Петербурга — вокруг нее и формировался ансамбль лавры. Церковь также называют первым российским Пантеоном – она служила усыпальницей членов царской семьи и прославленных государственных деятелей. Здесь похоронен прославленный полководец Александр Суворов. В конце 18 в. по проекту архитектора Ивана Старова был построен Свято-Троицкий собор, который отличается богатством внутреннего убранства. В 1790 г. в Свято-Троицкий собор были перенесены мощи святого князя Александра Невского. Это главная святыня монастыря. В 1797 г. Павел I придал монастырю статус лавры.
После революции 1917 г. монастырь закрылся не сразу, последняя церковь была упразднена только в 1936 г. Изъятые из собора мощи до 1989 г. находились в фондах Музея истории религии. Рака из серебра для мощей Александра Невского, пожалованная императрицей Елизаветой Петровной, была передана Государственному Эрмитажу. Сегодня ковчег с мощами помещён в мощевик и хранится в соборе со времени его открытия в 1957 г.
В состав архитектурного комплекса лавры входят несколько знаменитых некрополей, где покоятся многие выдающиеся деятели: композиторы Петр Чайковский, Михаил Глинка, Модест Мусоргский, Александр Бородин, Николай Римский-Корсаков, художники Иван Крамской, Архип Куинджи, Борис Кустодиев, Иван Шишкин, балетмейстер Мариус Петипа, писатель и историк Лев Гумилев, историк Николай Карамзин, писатель Федор Достоевский, первый русский учёный Михаил Ломоносов, знаменитые скульпторы и архитекторы, создававшие «город Петра» — Карл Росси, Джакомо Кваренги, Михаил Козловский, Иван Мартос, Петр Клодт и многие другие.