В 1712 году столица переезжает из Москвы в Петербург. Через год и Сенат постигает та же участь. Петербург активно развивается в административном плане, Пётр I проводит реформы во всех сферах жизни, выходят новые указы. Поэтому в новой столице необходимо было организовать работу органа управления, который бы ведал различными сферами жизни. В 1718 году появились специальные коллегии, которые ведали отдельными отраслями. Было создано двенадцать коллегий: Адмиралтейств-коллегия, Берг-коллегия (ведала горным делом), Военная, Вотчинная коллегия, Главный магистрат, Иностранных дел, Камер-коллегия (ведала доходами), Коммерц-коллегия, Мануфактур – коллегия, Ревизион-коллегия (ведала финансами), Штатс-контор-коллегия (ведала расходами), Юстиц – коллегия. Возглавляли коллегии в основном сподвижники Петра I, такие, как Фёдр Апраксин, Гавриил Головкин, Александр Меншиков.
Сначала эти органы государственного управления размещались в небольшом здании на Петроградской стороне. Активная работа коллегий началась в 1719-1722 годах. В 1722 году на Васильевском острове началось строительство здания Двенадцати коллегий по проекту архитекторов Доменико Трезини и Теодора Швертфегера. В здании Двенадцати коллегий предполагалось поместить также Сенат и Синод, ведавшие законами и духовной жизнью государства.
Первое заседание коллегий состоялось в 1732 году. В 1730-х годах строительство здания было полностью завершено уже под началом Михаила Земцова и Джузеппе Трезини. Здание Двенадцати коллегий выполнено в стиле барокко. Длина здания почти 400 метров, разделено на 12 частей, каждая имеет свои архитектурные особенности. Позже были пристроены галерея и каменное крыльцо. Уже перестроенное здание Двенадцати коллегий теперь принадлежит Санкт-Петербургскому Государственному Университету, сюда же помещена его главная библиотека.